Hi,

I wanted to calculate rdf for center of mass of urea and center of mass of protein
below is the snippet I am using. this code gives me rdf first peak position at 1 Angs.
what is wrong with the code. it should not have given me peak at 1 angs. kindly help.

Code:
! g(r) for the UREA with Center of mass of protein 
coor anal select segid UREA end -
      site select segid PRT show end -
      firstu 21 nunit 1 skip 1 -     ! trajectory specification
      igdist 68 -                    ! flag to do the solvent-solvent g(r)
      mgn 100 dr 0.1 -               ! comp. g(r) at MGN points separated by DR
      rsph 999.9  -                  ! we use ALL waters for the calculation
      xbox @6 ybox @7 zbox @8        ! and we did use PBC


data from rdf snippet. as you can see 0.10000E+01 0.28029E+02 0.10691E+01 peak position is at 1 angs.
Code:
   0.10000E+00 0.24689E+00 0.18962E-03
   0.20000E+00 0.34937E+00 0.91796E-03
   0.30000E+00 0.40061E+00 0.25443E-02
   0.40000E+00 0.43159E+00 0.54330E-02
   0.50000E+00 0.44956E+00 0.99218E-02
   0.60000E+00 0.46360E+00 0.16382E-01
   0.70000E+00 0.47467E+00 0.25184E-01
   0.80000E+00 0.48173E+00 0.36654E-01
   0.90000E+00 0.48874E+00 0.51186E-01
   0.10000E+01 0.28029E+02 0.10691E+01
   0.11000E+01 0.49911E+00 0.10909E+01
   0.12000E+01 0.44913E+01 0.13220E+01
   0.13000E+01 0.80824E+01 0.18071E+01
   0.14000E+01 0.18090E+01 0.19323E+01
   0.15000E+01 0.51574E+00 0.19731E+01
   0.16000E+01 0.73802E+00 0.20393E+01
   0.17000E+01 0.33701E+01 0.23791E+01
   0.18000E+01 0.27843E+01 0.26929E+01
   0.19000E+01 0.27009E+01 0.30310E+01
   0.20000E+01 0.61860E+01 0.38869E+01
   0.21000E+01 0.26006E+01 0.42827E+01
   0.22000E+01 0.37405E+01 0.49061E+01
   0.23000E+01 0.39008E+01 0.56153E+01
   0.24000E+01 0.22401E+01 0.60579E+01
   0.25000E+01 0.21075E+01 0.65091E+01
   0.26000E+01 0.15044E+01 0.68569E+01
   0.27000E+01 0.11863E+01 0.71522E+01
   0.28000E+01 0.12458E+01 0.74854E+01
   0.29000E+01 0.13548E+01 0.78735E+01
   0.30000E+01 0.19700E+01 0.84768E+01
   0.31000E+01 0.35380E+01 0.96325E+01
   0.32000E+01 0.24448E+01 0.10483E+02
   0.33000E+01 0.21429E+01 0.11274E+02
   0.34000E+01 0.20016E+01 0.12058E+02
   0.35000E+01 0.18792E+01 0.12838E+02
   0.36000E+01 0.18935E+01 0.13668E+02
   0.37000E+01 0.19339E+01 0.14564E+02
   0.38000E+01 0.20259E+01 0.15552E+02
   0.39000E+01 0.22126E+01 0.16689E+02
   0.40000E+01 0.21040E+01 0.17825E+02
   0.41000E+01 0.19701E+01 0.18942E+02
   0.42000E+01 0.19533E+01 0.20103E+02
   0.43000E+01 0.19429E+01 0.21313E+02
   0.44000E+01 0.19325E+01 0.22573E+02
   0.45000E+01 0.19232E+01 0.23884E+02
   0.46000E+01 0.19204E+01 0.25250E+02
   0.47000E+01 0.19204E+01 0.26677E+02
   0.48000E+01 0.19210E+01 0.28164E+02
   0.49000E+01 0.19200E+01 0.29713E+02
   0.50000E+01 0.19161E+01 0.31321E+02
   0.51000E+01 0.19106E+01 0.32990E+02
   0.52000E+01 0.19065E+01 0.34719E+02
   0.53000E+01 0.19026E+01 0.36512E+02
   0.54000E+01 0.18974E+01 0.38367E+02
   0.55000E+01 0.18924E+01 0.40286E+02
   0.56000E+01 0.18867E+01 0.42268E+02
   0.57000E+01 0.18787E+01 0.44313E+02
   0.58000E+01 0.18677E+01 0.46417E+02
   0.59000E+01 0.18539E+01 0.48577E+02
   0.60000E+01 0.18389E+01 0.50793E+02
   0.61000E+01 0.18256E+01 0.53066E+02
   0.62000E+01 0.18158E+01 0.55401E+02
   0.63000E+01 0.18082E+01 0.57801E+02
   0.64000E+01 0.18027E+01 0.60270E+02
   0.65000E+01 0.17985E+01 0.62810E+02
   0.66000E+01 0.17946E+01 0.65422E+02
   0.67000E+01 0.17915E+01 0.68109E+02
   0.68000E+01 0.17891E+01 0.70872E+02
   0.69000E+01 0.17867E+01 0.73713E+02
   0.70000E+01 0.17856E+01 0.76634E+02
   0.71000E+01 0.17841E+01 0.79637E+02
   0.72000E+01 0.17819E+01 0.82720E+02
   0.73000E+01 0.17796E+01 0.85884E+02
   0.74000E+01 0.17770E+01 0.89131E+02
   0.75000E+01 0.17751E+01 0.92462E+02
   0.76000E+01 0.17732E+01 0.95877E+02
   0.77000E+01 0.17712E+01 0.99379E+02
   0.78000E+01 0.17693E+01 0.10297E+03
   0.79000E+01 0.17669E+01 0.10664E+03
   0.80000E+01 0.17641E+01 0.11041E+03
   0.81000E+01 0.17615E+01 0.11426E+03
   0.82000E+01 0.17587E+01 0.11820E+03
   0.83000E+01 0.17554E+01 0.12223E+03
   0.84000E+01 0.17521E+01 0.12635E+03
   0.85000E+01 0.17488E+01 0.13055E+03
   0.86000E+01 0.17454E+01 0.13485E+03
   0.87000E+01 0.17417E+01 0.13924E+03
   0.88000E+01 0.17382E+01 0.14372E+03
   0.89000E+01 0.17343E+01 0.14830E+03
   0.90000E+01 0.17303E+01 0.15296E+03
   0.91000E+01 0.17269E+01 0.15772E+03
   0.92000E+01 0.17233E+01 0.16257E+03
   0.93000E+01 0.17198E+01 0.16752E+03
   0.94000E+01 0.17166E+01 0.17257E+03
   0.95000E+01 0.17132E+01 0.17771E+03
   0.96000E+01 0.17100E+01 0.18295E+03
   0.97000E+01 0.17067E+01 0.18829E+03
   0.98000E+01 0.17037E+01 0.19374E+03
   0.99000E+01 0.17007E+01 0.19928E+03
   0.10000E+02 0.16977E+01 0.20492E+03




Thnak-you,
Regards,
Rohit Modee

Last edited by Rohit; 06/26/19 12:07 PM.